实际履行与合同约定不同该以哪个为准?

实践中，一些用人单位在劳动者新入职时，口头允诺或者在劳动合同中与劳动者约定一个较高的劳动报酬，但在之后的履行过程中并不能兑现当初的承诺。那么这种情况下，用人单位支付构成克扣、拖欠劳动报酬，劳动者是否有权要求用人单位补足差额？
案情简介
2007年4月20日吴某进入上海某实业公司工作，担任电动车事业部部门经理一职，并签订了自2007年4月20日始至2010年4月19日为期三年的劳动合同，合同约定，试用期为三个月，自2007年4月20日至7月19日止；试用期满后吴某每月工资5000元，试用期每月暂时支付3000元，待工作满半年后补足5000元每月，如工作未满半年不需支付。合同订立后，公司通过银行转账方式每月发放吴某工资3000元。2008年3月21日起吴某未再上班，公司未再支付吴某3月份工资。
2008年5月19日，吴某向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付2007年4月至2008年3月拖欠的工资27000元及25%的违约金6750元等。
裁判结果
劳动争议仲裁委员会对吴某的申诉请求未予支持，吴某不服，遂诉至法院。法院经审理后认为，劳动合同约定吴某每月工资5000元，试用期每月暂时支付3000元，待工作满半年后补足每月5000元，如工作未满半年不需支付。实际履行过程中，公司按每月3000元向吴某发放工资，吴某亦并未提出异议。故吴某要求公司补足工资差额有悖诚实信用原则，法院最后对吴某要求公司支付2007年4月至2008年3月期间的工资差额及25%经济补偿金的请求，未予支持。公司未支付吴某2008年3月份的工资，而吴某自2008年的3月21日起不再上班，故公司应支付吴某2008年3月的工资3000元及25%的经济补偿金。
案例评析
本案的争议焦点在于，公司的行为是拖欠、克扣劳动报酬还是与劳动者就变更劳动合同达成了一致，变更了劳动报酬数额。
《劳动合同法》第二十九条规定“用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。”
《劳动合同法》第三十五条规定“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”
按照上述两规定的文义理解，我们可以得出以下两点结论：（1）用人单位应当按照双方的约定，及时足额地支付劳动者劳动报酬，不及时足额支付，就构成克扣、拖欠劳动报酬。（2）双方变更劳动报酬必须通过书面形式进行变更，如果不采用书面形式，就不是一个合法的变更。
然而，在实践中，通常劳资关系中的一系列合意由实际履行的事实过程所反映。书面合同实际上充其量只是劳资关系运行过程中的一个小的片断，有赖于实际履行过程的补充。
在劳动合同的履行过程中，实际履行原则应当优先于书面约定。实际履行原则是指在劳动关系的建立、履行、变更、消灭的过程中，双方实际履行的内容构成法律调整的劳动关系双方的权利义务。在劳动关系运行过程中，应优先以实际履行的内容确定为双方的劳动权利义务。
上海市高级人民法院《关于适用〈劳动合同法〉若干问题的意见》沪高法[2009]73号指出，《劳动合同法》第三十五条所称的书面形式要求，包括发给劳动者的工资单、岗位变化通知等等。因为随着劳动合同的持续履行，劳动合同双方的权利义务本身就必然会不断变化。如随着劳动者工作时间的增加，其休假、奖金标准发生的自然变化等等，都属于劳动合同的变更。因此，对于依法变更劳动合同的，只要能够通过文字记载或者其他形式证明的，可以视为“书面变更”。上海市高级人民法院的这条规定，实际上也是确立了实际履行优先的原则。例如，用人单位发给劳动者的工资单的具体项目、金额有变动，而劳动者亦未提出异议，就相当于双方通过实际履行的方式对劳动报酬达成了一个新的合意。